La struttura della Basilica è composta da due chiese sovrapposte, caratterizzate dalle due fasi costruttive, in felice successione storico-artistica: la prima ad essere costruita, la chiesa inferiore, è in stile romanico umbro, di derivazione lombarda, mentre la seconda, quella superiore, è segnata dallo stile gotico di matrice francese, italianizzato soprattutto dai colori e dalle decorazioni. In effetti l’apparato decorativo interno rende straordinarie nella loro unicità entrambe le chiese della Basilica, che offrono ricchi e preziosi cicli pittorici e preziose vetrate. Tra gli affreschi della Basilica, opere di Giotto, del Cimabue, del Lorenzetti, di Simone Martini e del Sermei.
Di fronte all’atrio che precede l’ingresso della chiesa inferiore della Basilica si trova l’ex oratorio di San Bernardino, costruito per il Terz’Ordine francescano da maestranze lombarde a metà ‘400.
L’abside, visibile dal Chiostro interno detto di Sisto IV o dalla terrazza che vi si affaccia, ha forma semicircolare in basso e poligonale in alto, fiancheggiata da due piloni cilindrici su cui si aprono grandi vetrate gotiche.
Nel 2000, la Basilica è stata inserita nella Lista del patrimonio dell’umanità dell’UNESCO insieme con altri siti francescani.
